Masjid Gedhe Mataram berada dalam satu komplek dengan Pesaren Agung atau pemakaman besar Kotaged, serta dikelilingi pagar batas setinggi 2,5 meter dalam struktur tata ruang pusat kerajaan Islam di Jawa.
Masjid ini merupakan bagian dari konsep catur gatra tunggal yang meliputi empat elemen pembentuk identitas kota, terdiri atas keraton sebagai pusat pemerintahan, alun-alun sebagai pusat kegiatan sosial budaya, masjid sebagai pusat kegiatan spiritual, dan pasar sebagai pusat kegiatan ekonomi.
Arsitektur bangunan masjid memiliki ciri khas berupa pagar bercorak Hindu yang mengelilingi area masjid, dan corak ini adalah wujud akulturasi antara Islam dan Hindu kala itu.
Ruang utama Masjid Gede Mataram memiliki atap berbentuk tajug atau atap berbentuk piramida, bertingkat dua, terbuat dari kayu dan ditutupi genteng, dengan puncaknya diberi mahkota yang disebut pataka.
Masjid Gede Mataram Kotagede berbentuk bujur sangkar seperti tipe arstitektur jawa lainnya, karena pandangan estetika Jawa yang menggunakan simbol konsep keblat papat limo pancer, yaitu simbol kemantapan, sekaligus keselarasan yang merupakan lambang empat mata angin dengan pusat ditengah.
Tidak kalah menarik yaitu keberadaan bedug besar berdiameter satu meter, berusia hampir sama dengan usia masjid, yang masih tersimpan di serambi masjid.
Dikisahkan bedug tersebut didapatkan Sunan Kalijaga ketika secara tidak sengaja menemukan pohon besar saat mengembara melalui Kulonprogo.
Editor : Asarela Astrid