Umat Islam membangun bagian utama bangunan masjid, dan umat Hindu membangun bagian pagar masjid, dan hal ini dapat dilihat di pintu masuk Masjid Gede Mataram yang berwujud Pura.
Dipertahankannya akulturasi budaya pada bangunan Masjid Gede Mataram dimaksudkan untuk menyebarkan ajaran Islam, mengingat mayoritas masih menganut kepercayaan animisme.
Saat itu ajaran Islam sangat sulit diterima masyrakat, sehingga Sunan Kalijaga berperan melakukan pendekatan budaya, menyebarkan ajaran agama Islam, dan cara tersebut berhasil hingga akhirnya Islam dapat diterima.
Sejarah berdirinya Masjid Gede Mataram berawal dari perpindahan Ki Ageng Pemanahan, dan putranya Danang Sutawijaya ke Alas Mentaok Kotagede.
Dalam Babad Tanah Jawa dikisahkan bahwa wilayah Alas Mentaok adalah tanah pemberian Sultan Hadiwijaya Pajang atas jasa Ki Ageng Pemanahan dan Danang Surawijaya setelah berhasil membunuh Arya Penangsang dari Jipang.
Seiring berjalannya waktu, Masjid Gede Mataram mengalami perkembangan, dimana masjid yang awalnya hanya berbentuk bangunan sederhana, kemudian dibangun serambi dan halaman masjid pada masa Sultan Agung tahun 1611 masehi.
Editor : Asarela Astrid